（一）生殖器鳞状细胞癌 多见于40岁以上的人，无不洁性交史，损害浸润明显，质坚硬、易出血，常形成溃疡，组织病理检查可以确诊。
（二）扁平湿疣 属二期梅毒疹，为发生于生殖器部位的肥厚性斑块，表面扁平而糜烂，可有密集颗粒呈乳头状、菜花状，基底宽阔，暗视野检查可查到梅毒螺旋体，梅毒血清反应强阳性。
（三）生殖器鲍温样丘疹病（Bowenoid papulosis of the genitalis） 为多发性小的红褐色丘疹，直径2～10mm，可融合成斑块。损害位于男性的龟头、阴茎干、女性的肛周和阴唇等部位，多见于40岁以下性活跃的人群。临床上像尖锐湿疣而组织学上类似鲍温病。损害可自行消退。
（四）假性湿疣 主要发生于女性小阴唇，特别是小阴唇内侧和阴道前庭，呈对称密集分布的直径1～2mm的白色或淡红色小丘疹，表面光滑，宛如鱼子，有些亦呈息肉状。无明显自觉症状，偶有瘙痒。组织病理检查见表皮角质层轻度灶性角化不全、棘层不规则增厚，表皮细胞胞浆丰富，淡染，未见空泡化，真皮浅层毛细血管扩张、充血、周围有稀疏炎症细胞。
（五）阴茎珍珠状丘疹（pearly peni1e papules） 为环绕阴茎冠状沟的小珍珠状丘疹，圆锥状、球状或不规则形，直径约1～2mm，沿冠状沟排列成一行或数行，互不融合，无自觉症状。
诊断尖锐湿疣的实验室检查
典型的尖锐湿疣一般不需作实验室检查即可作出诊断。当患者症状不典型，部位不典型，特别是妇女，其阴道口可有类似于尖锐湿疣的假性湿疣，需作实验室检查以明确诊断。常用的实验室检查有如下的方法：
(1)细胞学检查 取阴道、子宫颈等部位的湿疣组织作成涂片，作帕氏染色。在涂片中可以见到两种细胞，一种细胞的核周围有晕环，它占据了细胞浆的大部分，而将细胞浆压缩到边缘呈浓缩状，此种细胞称为空泡化细胞，它来源于浅层的鳞状上皮细胞；另一种细胞称为角化不良细胞，可单个或成堆分布，胞浆呈橙红色至淡黄色，核小而致密。在尖锐湿疣病的的涂片中这两种细胞常可混合存在。
(2)组织病理变化 主要为角化不全，棘层高度肥厚，乳头瘤样增生。粒层和棘层上部细胞有明显的空泡形成。棘细胞基底细胞有相当数量之核分裂，颇似癌变，但细胞排裂规则，且增生上皮和真皮之间境界清楚。
(3)组织化学检查 取少量病损组织制成涂片，用特异性抗人类乳头瘤病毒的抗体作染色。如果病损中有病毒抗原，则抗原抗体结合，在用过氧化物酶抗过氧化物酶（PAP）方法中，核可被染成红色。此法特异性强且较迅速，对诊断有帮助。
对尖锐湿疣的实验室检查，目前还很不成熟，组织学检查和组织病理检查都有一定的误诊率，需在条件好的医院检查。
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