经直肠微波热疗被最早应用于前列腺增生症的治疗，一般采用每次30～60分钟，每周1～2次，共3～5周的治疗方案，取得了一定疗效，主观症状的改善率在30%～50%，客观指标的改善率在30%～40%。但随着经尿道途径热疗的发展和经直肠微波作用部位主要在前列腺后叶的特点，经直肠微波热疗多用于前列腺炎的治疗。
经尿道前列腺增生症微波热疗早期应用无水循环冷却的辐射器时，亦采用每次治疗30～60分钟，共5～10次的治疗方案，随着带冷却水循环的辐射器的应用，后来多采用单次治疗60分钟方法。3～6个月内主观症状(症状评分)的改善率可达70%～80%，客观指标(最大尿流率、残余尿)的改善率也达50%～70%，尿潴留留置尿管的患者治疗后能拔管者约为60%，但远期观察表明，主客观疗效随着时间延长均有比较明显的下降，尤以一年以后更为明显，两年时主客观指标的有效率只在20%～30%左右。
临床观察证实，微波热疗对于前列腺体积无明显影响，治疗前后体积变化不大。目前认为，经尿道途径前列腺增生热疗的疗效要明显优于经直肠途径，而近期疗效要明显优于远期疗效，前列腺中叶增生明显者以及前列腺过大者的疗效差。
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