根治性前列腺切除术的术后并发症有：阳痿(85%～90%)、完全性尿失禁(1%～5%)、压力性尿失禁(5%～20%)、直肠损伤(1%～7%)、膀胱尿道吻合口狭窄(2%～23%)、切口感染(2%～20%) 等。手术死亡率为1%～5%。
其中常见的并发症为尿失禁和性功能障碍。
(1)尿失禁：根治性前列腺切除术由于手术创伤，引起膜部尿道周围组织水肿，可发生暂时性尿失禁，大多可在短期内自行缓解。手术中如损伤外括约肌或在作新成形膀胱颈与尿道吻合时缝线穿过尿道外括约肌，术后有可能引起完全性尿失禁。
(2)性功能障碍：是根治性前列腺手术的主要并发症。术后阳痿的发生率高达90%。主要是由于手术损伤了支配阴茎海绵体勃起的盆腔神经丛所致。1987年Walsh等人在耻骨后手术方法的基础上，发展了保留性神经的根治性前列腺切除术。资料表明，如前列腺癌未侵犯包膜或仅有镜下包膜浸润，术后一年内性功能恢复正常率为84%；病变已穿透包膜侵袭周围组织者手术恢复率为43%；精囊未侵犯者术后76%病人可有阴茎勃起，精囊已有侵犯者术后恢复率为33 %。这种术式目前已广泛应用于临床。
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